দেশের বিদ্যালয় সমূহে ক্রমবর্ধমান ভর্তি সমস্যা নিরসনের লক্ষ্যে গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকার ঢাকা মহাণগরীসহ ৬টি বিভাগীয় শহরে ১১টি মডেল বিদ্যালয় স্থাপনের সিদ্ধান্ত গ্রহণ করেন এবং ১৯৯৯ সালে অনুষ্ঠিত একনেকের এক সভায় ১১৪ কোটি টাকার একটি প্রকল্প অনুমদিত হয়। এরই অংশ হিসেবে গত ১১-০৩-২০০৪ খ্রি. তারিখে “রাজশাহী মডেল স্কুল এন্ড কলেজ” এর ভিত্তি প্রস্তর স্থাপন করা হয় এবং ৩০-১২-২০০৫ খ্রি. তারিখে নির্মাণ কাজ শেষ হয়। শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের ফ্যাসিলিটিজ ডিপার্টমেন্ট (বর্তমান EED) নির্মাণকাজ বাস্তবায়ন করে। পাঁচ তলা বিশিষ্ট অট্টালিকা সদৃশ্য বিদ্যালয় ভবনের উত্তর পার্শ্বে অধ্যক্ষ মহোদয়ের দ্বিতল বাসভবন নির্মাণ করা হয়।প্রতিষ্ঠানটির নির্মাণ ব্যয় ৫ কোটি ১৩ লক্ষ ৮৪ হাজার টাকা। রাজশাহী মডেল স্কুল এন্ড কলেজ ঢাকা মহাণগরীসহ ৬ টি বিভাগে ১১ টি উচ্চ মাধ্যমিক মডেল বিদ্যালয় স্থাপন প্রকল্প এর আওতায় প্রতিষ্ঠিত একটি আধুনিক শিক্ষা প্রতিষ্ঠান। প্রতিষ্ঠানটি ২০০৬ সাল থেকে স্কুল এবং কলেজ শাখায় ছাত্র-ছাত্রী ভর্তি করে অত্যন্ত সুনামের সাথে শিক্ষা কার্যক্রম পরিচালনা করে আসছে।

গত ১৮-০৯-২০১৭ খ্রিঃ তারিখে গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকার এর শিক্ষা মন্ত্রণালয় এর মাধ্যমিক ও উচ্চ শিক্ষা বিভাগ (সরকারি মাধ্যমিক-১) এর স্মারক  নং-৩৭.০০.০০০০.০৭১.১৮.০০২.১৭(অংশ-৩)-৮৬২ এর মাধ্যমে অত্র প্রতিষ্ঠানটিকে সরকারিকরণ করা হয়।